Logger32とWSJT-XやJTDXを同時運用すると、comポートが競合して上手く行かないのですが、最新版のLogger32だと、UDP(ウインドウの下の枠に表示有り)をオンにして、新しく出てきたバンドマップのメニューのStartをクリックしてJTDX(またはWSJT-X)を選ぶと、一旦Logger32からcomポートが離れてJTDXに移るので、競合の問題が回避できました。
(JTDXの設定でPTTはCATを選択。)
この状態でJTDXをロギングするとデータはLogger32に入ります。
あちこち検索して解決。詳しくはそちらを。